Most je naručio osmanski sultan Sulejman Veličanstveni 1557. godine kako bi zamijenio stari drveni viseći most koji se pokazao nestabilnim. Izgradnja je započela iste godine i trajala je devet godina, što se može pročitati iz natpisa na mostu koji za godinu završetka navodi 974. godinu po islamskom kalendaru (oko 1567.).

Tokom rata u Bosni i Hercegovini 1992-1995. godine, Most je djelomično oštećen od strane srpskih snaga i JNA. Dana 9. novembra 1993. HVO je srušio Stari most kao dio kampanje granatiranja i terorisanja Mostara. Dan ranije, 8. novembra 1993. HVO je započeo sa kampanjom rušenja Mosta ispaljujući na desetine projektila u luk i kule Mosta, što je okončano 9. novembra 1993., njegovim konačnim rušenjem.

Osoba kojoj se sudi za rušenje Starog mosta jeste zapovijednik HVO-a Slobodan Praljak. Sudi se pred Međunarodnim sudom za ratne zločine, u predmetu “Prlić i ostali”.

Stari most je rekonstruiran i potpuno obnovljen 2004. godine. Među donatorima su bile turska i talijanska vlada. Jula 2005. godine, Most je uvršten na listu UNESCO-vih zaštićenih spomenika kulture.