Nakon završetka igračke karijere 2006. godine je postao pomoćni trener u stručnom štabu nogometne reprezentacije Hrvatske, a asistirao je Slavenu Biliću sve do 2010. godine kada preuzima Crvenu zvezdu. S beogradskom ekipom je 2012. godine osvojio Kup Srbije, za sada svoj jedini trofej u trenerskoj karijeri.

U augustu 2012. godine sporazumno prekida ugovor sa Zvezdom i 14. oktobra preuzima turski Kayserispor koji se u tom trenutku nalazio na 15. mjestu na tabeli turske Super lige, a on ga je do kraja sezone doveo na 5. mjesto, čime je ostvario najbolji rezultat u historiji kluba. Krajem 2013. godine, nakon serije loših rezultata, podnio je ostavku, a na sljedeći angažman čekao je skoro godinu dana kada je 1. decembra 2014. godine postao selektor reprezentacije Azerbejdžana.

S Azerbejdžanom je stigao i do 76. mjesta na FIFA-inoj rang-listi, a u oktobru prošle godine je napustio selektorsku poziciju nakon 21 meča na klupi reprezentacije te zemlje.

Prve ispite na klupi reprezentacije BiH Prosinečki će imati 28. i 31. januara 2018. godine kada će Zmajevi igrati prijateljske utakmice protiv Sjedinjenih Američkih Država i Meksika. Na ovim mečevima će vjerovatno nastupati uglavnom igrači iz BHT Premijer lige BiH, pošto mečevi nisu zakazani u FIFA-inim terminima. (KLIX)