Žrijeb 1/16 finala Kupa Bosne i Hercegovine obavljen je u Kući fudbala u Sarajevu.
U ovoj fazi takmičenja će se sastati:
NK „TRAVNIK” Travnik – FK “BORAC” Banja Luka
FK “RUDAR-PRIJEDOR” Prijedor – FK “OLIMPIK“ Sarajevo
FK “GORAŽDE” Goražde – FK “SLOBODA“ Tuzla
FK “RADNIČKI” Lukavac – FK “SARAJEVO” Sarajevo
FK “SLOBODA” Novi Grad – FK “TUZLA CITY” Tuzla
FK “BUDUĆNOST” Banovići – FK “ŽELJEZNIČAR” Sarajevo
FK “TEKSTILAC“ Derventa – HŠK “ZRINJSKI” Mostar
FK “DIZDARUŠA” Brčko – FK “VELEŽ” Mostar
FK “SLAVIJA” Istočno Sarajevo – FK “MLADOST“ Doboj Kakanj
NK „GOŠK“ Gabela – NK „ŠIROKI BRIJEG” Široki Brijeg
NK “ZVIJEZDA” Gradačac – FK “RADNIK” Bijeljina
FK “LEOTAR“ Trebinje – FK “KRUPA“ Krupa na Vrbasu
FK “ZVIJEZDA 09” Bijeljina – FK “ALFA MODRIČA” Modriča
FK “KLIS“ Buturović polje – FK “UNIS” Vogošća
FK “VELEŽ” Nevesinje – FK “IGMAN“ Konjic
NK “FORTUNA” Zenica – FK “RUDAR” Kakanj
Utakmice 1/16 finala biće odigrane 30.09.2020.