Prije nego je izabran za generalnog sekretara UN-a on je bio na čelu mirovne misije Ujedinjenih nacija kad je oko 800.000 ljudi ubijeno u Ruandi. Sljedeće godine više od 8.000 muškaraca ubijeno je u Srebrenici. Priznajući da međunarodna zajednica nije ispunila svoju odgovornost u tada proglašenoj sigurnoj zoni, Annan je rekao: “Očito je da nismo uspjeli. I ne samo to, ja sam se u svoje i u ime UN-a izvinio.”
U svojoj knjizi “Interventions” (Intervencije) 2012. godine pokušao je predvidjeti kako će historija pamtiti njegovih 40 godina rada u UN-u navodeći da su ga iskustva u Ruandi i Bosni i Hercegovini nagnala da UN pokuša reformisati u organizaciju koja će se usprotiviti umjesto da čeka.